反渗透系统承担了主要的脱盐任务。反渗透系统设备包括阻垢剂加药装置、保安过滤器、一级高压泵、一级反渗透膜组、NaOH加药装置、二级高压泵、二级反渗透膜组、化学清洗系统等。

反渗透脱盐技术是近二十几年来新兴的高新技术，它利用反渗透原理，采用具有高度选择透过性的反渗透膜，能使水中的无机盐去除率达到99%，同时，也能脱除水中的各种有机物、微粒，大大提高产品清洗合格率，且无污染，因而在纯水制备方面得以广泛采用。经过预处理后合格的原水进入置于压力容器内的膜组件，水分子和极少量的小分子有机物通过膜层，经收集管道集中后，通往产水管再注入纯水箱。

本系统设置了二级反渗透装置，作为系统的主要除盐设备。反渗透系统采用进口的DOW/海德能低压膜元件。同时系统的进水、产水和浓水管道上都装有一系列的控制阀门、流量、电导率、压力表等监控仪表及程控操作系统，它们将通过PLC控制系统实现设备长期的保质、保量系统化运行。二级RO水箱设置水封装置，隔离空气污染。